宇宙思想科学研究部という怪しげな部活の部長を務める高校3年生の南ゆう。ゆうは、同級生の男子生徒、翔とたった二人だけのその部で毎日宇宙のことを考えていた。夏休み前、廃部が決まっている部活の最後のイベントとして、夏休みに二人で宇宙人調査のため海へ行く計画を立てていたゆうたちの前に、杏という転校生が現れる。杏は、初めて会ったゆうに、宇宙思想科学研究部に入部したいと申し出る。不思議がるゆうだが、杏との会話の中に何かを感じ入部を認め、夏休みに三人で海に出かけるのだった。その海は、ゆうが、幼少の時、宇宙人に拉致されたという海だった。調査している三人。宇宙人の痕跡に反応するという装置を使って調べているゆうの前に現れた杏は、いきなりゆうを羽交い絞めにし、『あなたの体内に埋め込まれたものを調べたいの』という。杏の言っている言葉の意味が分からないゆう。その時、特殊部隊の格好をした者が突如現れ、杏は、姿を消し、ゆうはその者たちに連れ去られてしまうのだった。基地のような部屋で取り調べを受けるゆう。激しい取り調べを受け気絶しているゆうの脳裏に翔の叫び声がこだまする。そして、ゆうの体に眠るシャウティスエネルギーが覚醒するのだった…。巨大ヒロイン・シャウティス、逃れられない宇宙の運命にゆうは青春の全てを賭けて戦うのだった。